概述

KAPA NGS FFPE DNA QC 試劑盒在(zai)構(gou)建 NGS 文(wen)庫之(zhi)前(qian)提供可靠的(de)(de)基于 qPCR 的(de)(de)人類 FFPE DNA 樣本(ben)鑒定和(he)推薦輸入評估。每(mei)個(ge)試劑盒都包含優化的(de)(de)高性(xing)能 qPCR 主(zhu)混(hun)合物(wu)、DNA QC 標(biao)準和(he)預混(hun)形(xing)式的(de)(de)引物(wu)。引物(wu)針對人類長散在(zai)核元件 (LINE)，提供更高的(de)(de)靈敏度(du)并(bing)最大限(xian)度(du)地減少 QC 所需(xu)的(de)(de)樣本(ben)量。

與 DNA QC 標準(zhun)相(xiang)比，樣(yang)(yang)本質(zhi)(zhi)量(liang)通過對(dui)短擴增子和長擴增子的(de)相(xiang)對(dui)定量(liang)來評估。計算出的(de)標準(zhun)化(hua)(hua)質(zhi)(zhi)量(liang)分數(shu) (Q 分數(shu)) 用(yong)于(yu)計算所需(xu)的(de)樣(yang)(yang)本輸入量(liang)，這為高質(zhi)(zhi)量(liang)文(wen)庫(ku)制備提供了最大的(de)可能(neng)性。使(shi)用(yong)該(gai)試劑盒生成的(de) Q 分數(shu)可用(yong)于(yu)預測(ce)文(wen)庫(ku)制備的(de)結果并優(you)化(hua)(hua) FFPE DNA 樣(yang)(yang)本的(de)文(wen)庫(ku)構建參(can)數(shu)。

KAPA FFPE DNA QC 試劑(ji)盒已在 KAPA HyperPETE 組(zu)織 DNA 工(gong)作流程中驗證，但(dan)理(li)論(lun)上可(ke)能與 KAPA HyperCap FFPET DNA 工(gong)作流程兼容。

KAPA NGS FFPE DNA QC 試劑盒的優勢

·       最大限度地提高受損 FFPE DNA 樣本的成功率(lv)

·       在一次測(ce)定中以最少的投入評估(gu)質量并推薦(jian)投入

·       通過靈活且易(yi)于自動化(hua)的工(gong)作流程(cheng)節省(sheng)寶貴(gui)的時間(jian)

KAPA NGS FFPE DNA QC 試劑盒的原理

KAPA NGS FFPE QC 試劑盒通過比較 LightCycler ® qPCR 檢測中(zhong)(zhong)較大 (191-bp) 擴增子和(he)較小 (66 bp) 擴增子的(de)擴增情況來評估(gu)樣(yang)本(ben)質(zhi)量，該(gai)檢測使用(yong)針對(dui)人類長(chang)散在(zai)核元件 (LINE) 的(de)引物。針對(dui) LINE 元件可以從極少量的(de)輸入 FFPET DNA 中(zhong)(zhong)產生(sheng)更(geng)強的(de)信號，從而獲(huo)得(de)更(geng)靈(ling)敏的(de)結果并很大程度(du)(du)地減(jian)少 QC 測試樣(yang)本(ben)的(de)使用(yong)。這可以對(dui)質(zhi)量進行可靠的(de)評估(gu)，該(gai)質(zhi)量評估(gu)是整(zheng)個基因組的(de)平(ping)均(jun)質(zhi)量，而不是單拷貝的(de)管家基因。此(ci)外，與分光光度(du)(du)法和(he)電泳法相比，qPCR 檢測在(zai)評估(gu)樣(yang)本(ben)質(zhi)量方面具有更(geng)高的(de)靈(ling)敏度(du)(du)和(he)準確(que)性。

比(bi)較(jiao)這兩(liang)個 qPCR 檢測的(de)(de)相對擴增結果可得出樣(yang)本的(de)(de) Q 值，該 Q 值可與已(yi)知數(shu)量的(de)(de) QC PCR DNA 標(biao)準進行比(bi)較(jiao)，作為樣(yang)本質(zhi)量的(de)(de)指標(biao)。然后可適當調整低質(zhi)量樣(yang)本的(de)(de)輸入 DNA 量，以提高文庫制備成功的(de)(de)可能性。

最大限度地提(ti)高受(shou)損(sun) FFPE DNA 樣本的成功率

質量調整輸入(ru)（Q 輸入(ru)）顯著改善了 KAPA HyperPETE 組織 DNA 工作流程中低質量 (LQ)、中等(deng)質量 (MQ) 甚至(zhi)高質量 (HQ) FFPE DNA 樣本的測序覆蓋率指標。

圖 1 . 使用 KAPA NGS FFPE DNA QC Kit 的質(zhi)(zhi)量調(diao)(diao)整(zheng)輸入(ru)，與未調(diao)(diao)整(zheng)的 10 ng 輸入(ru)相比，KAPA HyperPETE Pan Cancer 和 Hot Spot Panels 的測序覆(fu)蓋率指標顯著提高。低(di)質(zhi)(zhi)量 (LQ) FFPET DNA 樣本的標準(zhun)化 Q 分數范(fan)(fan)圍(wei)為 0.042 至(zhi) 0.2。在 KAPA HyperPETE 組織(zhi) DNA 工作流程中，質(zhi)(zhi)量調(diao)(diao)整(zheng)（Q 調(diao)(diao)整(zheng)）輸入(ru)范(fan)(fan)圍(wei)為 60 至(zhi) 248 ng。

圖 2 . 質(zhi)量(liang)(liang)調整輸(shu)入(ru)（Q 輸(shu)入(ru)）顯(xian)著(zhu)提(ti)高了 KAPA HyperPETE 組織(zhi) DNA 工作(zuo)流程中 KAPA HyperPETE Pan Cancer Panel 覆(fu)蓋(gai)的面板(ban)外(wai)顯(xian)子的百分比(bi)，提(ti)高了 500 倍或更多。與 10 ng 的覆(fu)蓋(gai)率(lv)相比(bi)，低質(zhi)量(liang)(liang)樣本(ben)（LQ）顯(xian)示(shi)出(chu)明顯(xian)的改善。但是，中等(deng)質(zhi)量(liang)(liang)（MQ）甚至(zhi)高質(zhi)量(liang)(liang)（HQ）樣本(ben)也可以(yi)通過(guo)使用 KAPA NGS FFPE DNA QC Kit 計算的 Q 輸(shu)入(ru)受益。