高(gao)效、均勻的(de)基于雜交的(de)全外顯子組測序捕獲

新的(de) KAPA HyperExome 探(tan)針池結(jie)合了十多(duo)年的(de)探(tan)針設計經驗和改(gai)進的(de)探(tan)針制造工藝，能夠高效、均勻地基于雜交捕(bu)獲全外(wai)顯子組測序 (WES)。實現對(dui)基因組變(bian)異的(de)靈(ling)敏、可靠的(de)檢測，包括外(wai)顯子區域內(nei)的(de)單(dan)核苷(gan)酸變(bian)異 (SNV)、插入/缺失、拷貝數(shu)變(bian)異 (CNV)、基因融合、倒位(wei)和其(qi)他重(zhong)排。

·       通過好的捕獲均勻性 降(jiang)低檢測(ce)變異所需(xu)的測(ce)序(xu)(xu)量，從而降(jiang)低測(ce)序(xu)(xu)成本并節省時(shi)間

·       可靠地豐富具有挑戰性的、以前無法接近的外顯子區域

·        利用 387 個樣本追蹤 SNP確(que)保準確(que)識別樣本

·        使用由 KAPA HyperPrep 或 KAPA HyperPlus Library Prep Kits 驅動(dong)的 HyperCap Workflow v3簡化靶(ba)向測

性能數(shu)據

降低測(ce)序(xu)成本并(bing)節省時間

·       利用 KAPA HyperExome 緊湊的 ~43 Mb 設計優化測序吞吐量

·       與供應商 X 相比實(shi)現更(geng)好的覆(fu)蓋率，尤(you)其是更(geng)深層次的排序

與(yu)供應商 X Exome 相比，KAPA HyperExome 具有更高的(de)目標讀取百分(fen)比、更深(shen)的(de)中值覆蓋率和更廣泛(fan)的(de)目標覆蓋率。 

圖 1.與供應(ying)商 X Exome 相(xiang)比(bi)，KAPA HyperExome 具有更(geng)(geng)高的目(mu)標(biao)讀取百(bai)分比(bi)、更(geng)(geng)深(shen)的中(zhong)值覆(fu)蓋率和更(geng)(geng)廣泛的目(mu)標(biao)覆(fu)蓋率。

對(dui)于(yu) KAPA HyperExome 和供應商(shang) X 外顯(xian)子(zi)(zi)組(zu)工作流程(cheng)：對(dui)來(lai)自 16 個細胞系的 DNA 進(jin)(jin)行三次處理（每個工作流程(cheng)總共 48 個文(wen)(wen)庫(ku)(ku)）；對(dui)輸入 DNA 進(jin)(jin)行酶切(qie)；在捕(bu)獲前將樣本(ben)以 8 個為(wei)一組(zu)進(jin)(jin)行多(duo)路復用(yong)并雜(za)交(jiao) 16 小(xiao)時；用(yong) 8 個 PCR 循環擴增最終(zhong)的捕(bu)獲后文(wen)(wen)庫(ku)(ku)；并在 Illumina® NovaSeq™ 測(ce)序儀(yi)上對(dui)文(wen)(wen)庫(ku)(ku)進(jin)(jin)行測(ce)序（2 x 100 bp）。對(dui)于(yu) KAPA HyperExome 樣本(ben)，使用(yong) KAPA HyperPlus 試(shi)劑盒(he)、KAPA 通用(yong)適(shi)配器和 KAPA UDI 引物(wu)(wu)混合物(wu)(wu)從 100 ng DNA 制備文(wen)(wen)庫(ku)(ku)；在 8 個捕(bu)獲前 PCR 循環后在 55oC 下進(jin)(jin)行雜(za)交(jiao)和清(qing)洗。根據制造商(shang)的說明，從 50 ng 基因組(zu) DNA 制備供應商(shang) X 樣本(ben)。為(wei)了進(jin)(jin)行分析，測(ce)序數(shu)據按外顯(xian)子(zi)(zi)組(zu)面(mian)板(ban)大小(xiao)按比例進(jin)(jin)行子(zi)(zi)采樣，以實現(xian)相同的目(mu)標平均(jun)覆蓋深度(du)。

通過好的捕獲均勻性很大程(cheng)度地提高吞吐量(liang)

·       利用設計專(zhuan)業知識和使用廣泛優化的面板來提高測序效率(lv)

·       即使在(zai)難以捕(bu)捉的區域也能(neng)實現最佳(jia)的整體平衡

圖 2. KAPA HyperExome 實現高(gao)度(du)均(jun)勻的(de)覆(fu)蓋——即(ji)使(shi)在(zai) %GC 較高(gao)或較低的(de)區域也是如(ru)此(ci)。 

在使用(yong) KAPA HyperExome 探(tan)針捕(bu)(bu)獲(huo)之(zhi)前，使用(yong) KAPA HyperPlus 試劑盒和 KAPA 通用(yong)適(shi)配器和 KAPA UDI 引(yin)物(wu)混合物(wu)從 100 ng DNA 中制備文(wen)庫。文(wen)庫 (8) 在捕(bu)(bu)獲(huo)前進行多路復用(yong)，與探(tan)針雜交 16 小時，捕(bu)(bu)獲(huo)后(hou)擴增(zeng)，并在 Illumina NovaSeq 測序儀上測序 (2 x 100 bp)。條形圖表示來自 16 個(ge)不同(tong)細胞系的數據，重復處理三次(ci)。面板(ban) B 中的每個(ge)數據集都來自不同(tong)的細胞系。

可(ke)靠(kao)地豐富(fu)具(ju)有挑戰性的、以前無(wu)法接近(jin)的外顯子區域

·       提高(gao)重要基因組數據庫（包括 ACMG59、CCDS 和 ClinVar）中關鍵研(yan)究(jiu)基因的覆蓋率

·       使用全面而緊湊(cou)的 KAPA HyperExome 面板發現(xian)更多變(bian)體(ti)

圖 3.與供(gong)應商(shang) X Exome 相比，KAPA HyperExome 對重要(yao)基因組數據庫的覆(fu)蓋范圍(wei)更廣。 

對(dui)于 KAPA HyperExome 和供(gong)應(ying)商(shang)(shang) X 外顯子組工作(zuo)流(liu)(liu)程：對(dui)來自 16 個(ge)(ge)細胞(bao)系的(de)(de) DNA 進行(xing)(xing)三次處理（每個(ge)(ge)工作(zuo)流(liu)(liu)程總共 48 個(ge)(ge)文庫(ku)）；對(dui)輸入 DNA 進行(xing)(xing)酶(mei)切；在(zai)捕(bu)獲前將(jiang)樣(yang)本以(yi) 8 個(ge)(ge)為(wei)(wei)一組進行(xing)(xing)多路復(fu)用并雜交 16 小時；用 8 個(ge)(ge) PCR 循環擴增(zeng)最終的(de)(de)捕(bu)獲后(hou)(hou)文庫(ku)；并在(zai) Illumina® NovaSeq™ 測序儀上對(dui)文庫(ku)進行(xing)(xing)測序（2 x 100 bp）。對(dui)于 KAPA HyperExome 樣(yang)本，使用 KAPA HyperPlus 試劑盒、KAPA 通用適配(pei)器(qi)和 KAPA UDI 引(yin)物混(hun)合物從 100 ng DNA 制備文庫(ku)；在(zai) 8 個(ge)(ge)捕(bu)獲前 PCR 循環后(hou)(hou)在(zai) 55oC 下進行(xing)(xing)雜交和清洗。根(gen)據(ju)制造(zao)商(shang)(shang)的(de)(de)說明(ming)，從 50 ng 基因組 DNA 制備供(gong)應(ying)商(shang)(shang) X 樣(yang)本。為(wei)(wei)了進行(xing)(xing)分析(xi)，測序數據(ju)按(an)(an)外顯子組面板大小按(an)(an)比例(li)進行(xing)(xing)子采樣(yang)，以(yi)實現相同的(de)(de)目標平均覆蓋深度。

確保(bao)樣品識別準確

研(yan)究人員經常使用對(dui)照加(jia)樣(yang)(yang)(yang)來跟(gen)蹤整個 NGS 工作流程中(zhong)的樣(yang)(yang)(yang)本(ben)。但是，樣(yang)(yang)(yang)本(ben)處理錯誤(wu)(wu)仍(reng)然會(hui)導致樣(yang)(yang)(yang)本(ben)識別錯誤(wu)(wu)。HyperExome 針對(dui) 387 個選定的 SNP 位點，將其作為獨立于樣(yang)(yang)(yang)本(ben)處理的內在樣(yang)(yang)(yang)本(ben)標識符，使研(yan)究人員能夠：

·       消除(chu)與手動添(tian)加(jia)樣(yang)品跟蹤添(tian)加(jia)物相關的(de)錯(cuo)誤(wu)

·       提(ti)高 NGS 結果的可靠性(xing)，增強對樣本身份(fen)的信心

·       減少昂貴(gui)的(de)樣品錯誤識別